Он склонен к воплощению уникальной идеи для каждого сезона, разбирая и собирая одну единственную концепцию. Платья эпохи Эдуарда VII, созданные из материала, напоминающего тучные нейлоновые спальные мешки, доминируют в одной коллекции. Следующая концепция может представлять собой размышления на тему армейского пиджака, переделанного в плащ, фрак или легкое трикотажное платье настолько сложного кроя, что к нему не помешает инструкция. Ватанабе – волшебник в технике неожиданного расположения швов и застежек – иногда сзади, иногда извилисто по всей одежде. Его вызывающие шоу уж точно не заставят публику и критиков скучать. 

После окончания респектабельного токийского колледжа Бунка в 1984 году Ватанабе начал работать с Рей Кавакубо. В 1992 году она дала начинающему дизайнеру шанс разработать собственную линию под крылом бренда Comme des Garçons. В том же году он представил свою первую коллекцию Junya Watanabe Comme Des Garçons в Токио. В 2001 году Ватанабе дебютировал на Неделе моды в Париже с собственной мужской коллекцией. Джунья редко дает интервью. Одна из его известнейших фраз «Anti, anarchy, army!», произнесенная после его показа в духе милитари, так и осталась загадкой.

Несмотря на это Ватанабе все же открыл некоторые факты об истоках своей работы, о сотрудничестве с Кавакубо. Хотя они знают друг друга более двадцати лет, его наставница никогда его не хвалила и даже не советовала в каком дизайнерском направлении двигаться. «Иногда я бы предпочел хоть какой-то отзыв, - признался Ватанабе журналу VOGUE в 2006 году. «Критика была бы лучше, чем молчание». В 2008 и 2009 годах Ватанабе сотрудничал с Lacoste, Fred Perry, Moncler, Levi's и Converse. Он разрабатывал для них дизайн футболок, кед, ботинок и курток. Сегодня показы Junya Watanabe являются одними из ключевых на Неделе моды в Париже.